中國科學院上海巴斯德研究所（簡稱上海巴斯德所）于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月開始運行，2007年7月23日獲中央機構編制委員會辦公室批復，是中科院與法國巴斯德研究所唯一整建制從事人類傳染性疾病基礎研究和相關技術應用的綜合性研究機構。2020年1月2日，中國科學院黨組將上海巴斯德所正式納入直屬事業(yè)單位的管理序列。
上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活動規(guī)律、重大傳染性疾病的致病機制等關鍵科學問題，推動熱帶病病原學、免疫學和疫苗學知識創(chuàng)新與學科發(fā)展。以解決病原發(fā)現(xiàn)、生物治療（抗體、疫苗等）共性瓶頸技術問題為著力點，重點為健康中國、健康上海提供科技支撐和解決方案。以創(chuàng)新國際合作機制為契機，建設標桿式的國際化研究所，為“一帶一路”提供技術支撐與保障。上海巴斯德所現(xiàn)設有生物學、基礎醫(yī)學2個專業(yè)一級學科博士研究生培養(yǎng)點，細胞生物學、微生物學、免疫學、病原生物學、生物與醫(yī)藥5個專業(yè)二級學科碩士研究生培養(yǎng)點。
上海巴斯德所是巴斯德國際網絡成員之一，從2016年起擔任亞太區(qū)總協(xié)調單位（巴斯德國際網絡作為世衛(wèi)大會非政府成員，是傳染病防治領域的一支重要國際科技組織）并充分發(fā)揮亞太區(qū)協(xié)調人單位的作用，以科學和公共衛(wèi)生使命為紐帶，通過該網絡積極拓展國際科技合作。
上海巴斯德所下設中科院分子病毒與分子免疫重點實驗室,微生物、發(fā)育與健康研究中心等學術單元，是首批“國家級國際聯(lián)合研究中心”之一。另設1個公共技術服務平臺、6個行政管理部門，包括：研究所辦公室、黨委辦公室（紀監(jiān)審辦公室）、科技發(fā)展與合作處、人事教育處（下設研究生工作辦公室）、財務與資產處、綜合管理處。
截至2020年12月31日，研究所共有在職職工151人，博士后47人（含廣上聯(lián)培博士后36人）。其中，正高級專業(yè)技術崗位35人，副高級專業(yè)技術崗位19人，全體職工與博士后平均年齡36歲，外籍人員占8%。研究所設有生物學、基礎醫(yī)學2個專業(yè)一級學科博士研究生培養(yǎng)點，細胞生物學、微生物學、免疫學、病原生物學、生物與醫(yī)藥5個專業(yè)二級學科碩士研究生培養(yǎng)點，共有各類碩博研究生196人。
中國科學院上海巴斯德研究所設有微生物學、細胞生物學等共2個生物學學科專業(yè)的博士學科培養(yǎng)點；設有微生物學、細胞生物學共2個生物學學科專業(yè)，免疫學、病原生物學共2個基礎醫(yī)學學科專業(yè)的碩士學科培養(yǎng)點以及生物與醫(yī)藥專業(yè)學位碩士研究生培養(yǎng)點。
上海巴斯德所生物學培養(yǎng)點自成立以來，不斷凝練優(yōu)化學科布局，聚焦病毒學、免疫學和疫苗學等核心學科，以重大傳染病特別是新生、突發(fā)性傳染性疾病的相關研究為主線，開展相關致病機制、免疫應答規(guī)律及防治策略研究，解決傳染性病防控及新型疫苗研發(fā)、評價等方面的重大科學問題，已形成了良好的學科布局。
研究所已建立高水平的研究生培養(yǎng)體系，構筑學科特色鮮明、具有國際影響力的科教融合基地，為國家培養(yǎng)傳染病基礎和應用研究領域的高素質后備人才。